فیلم داستان یک راهب است که علوم ماورایی و جادو را یاد می‌گیرد، اما استفاده‌ای از آن نمی‌کند تا اینکه اتفاقی غیرطبیعی رخ می‌دهد و او با همکاری شخصی به نام هیروماسا میناموتو باید آن را حل کند و اوضاع را به روال سابق بازگرداند و ...

ناتسومی یوکیهیرا اسناد محرمانه‌ای از سازمانی که کشور را از سایه‌ها کنترل می‌کند به دست می‌آورد. به همین دلیل، همسر سابق ناتسومی، کازوئو ساتو، بهای سنگینی پرداخت می‌کند. ناتسومی برای مقابله با این سازمان به بخش تحقیقات شماره یک اداره پلیس توکیو بازمی‌گردد، اما درگیر پرونده جدیدی می‌شود و به دشمن نهایی نزدیک‌تر می‌گردد.

در سال ۲۱۹۹، پنج سال پس از آغاز تهاجم گامیلوها به زمین، این سیاره توسط بمب‌های بیگانگان ویران شده است. بازماندگان بشریت برای فرار از سطح رادیواکتیو به زیر زمین پناه برده‌اند. یک روز، خلبان سابق سوسومو کودای کپسولی را کشف می‌کند که از سیاره ایسکاندار فرستاده شده و از دستگاهی خبر می‌دهد که می‌تواند تشعشعات را از سطح زمین پاک کند. نیروی دفاعی زمین ناو جنگی یاماتو را با سیستم رانش جدیدی بازسازی می‌کند تا سفر ۱۴۸,۰۰۰ سال نوری به ایسکاندار را به امید نجات زمین آغاز کند. در عرض یک سال، تشعشعات بقیه بشریت را به مرز نابودی خواهد کشاند.